Очистка кеша не удаляет сообщения или мультимедиа из ваших чатов — они остаются в истории чатов, готовые к повторной загрузке, когда они вам понадобятся.
На странице «Использование хранилища» есть несколько настроек, позволяющих максимально увеличить объем хранилища, например, автоматическое удаление старых носителей из кэша, а также максимальный размер кэша в iOS.